一年前,蛇女子学院的忍者们被道元阴谋算计与半藏学院发生大战,道元趁虚复活邪魔怨血楼。蛇女子学院历尽艰辛,虽然最终击败了怨血楼,校舍却彻底崩坏;焰小队全体脱离了学院逃离忍道选择隐居,年轻一代的忍者理念也...

一年前,蛇女子学院的忍者们被道元阴谋算计与半藏学院发生大战,道元趁虚复活邪魔怨血楼。蛇女子学院历尽艰辛,虽然最终击败了怨血楼,校舍却彻底崩坏;焰小队全体脱离了学院逃离忍道选择隐居,年轻一代的忍者理念也都有所动摇,自己一贯坚持的“忍道”是绝对正确的吗?善与恶之间就只有黑与白吗?我们之间是朋友还是只能成为宿命中的敌人?

“想知道忍者的真正意义就到岛上来吧!”正当各学院新生派陷入迷茫之时,一封写着这段话的神秘邀请函送到了她们的住处,落款是忍界最为闻名而神秘的千年祭执行部。“或许岛上面真的能解开我们的迷惑”带着这样的想法,各学院的忍者陆续前往这座无名海岛

在岛上她们从组织者的口中得知,当年忍者,是为了对抗妖魔而发展出来的一个职业,在那个战火纷飞的年代,不管用什么手段,只要能抗击妖魔入侵就是一名合格的忍者,以至于战胜妖魔之后两极分化的忍者派别逐渐演变成了和平年代的善忍和恶忍。而如今妖魔再一次有入侵人间的征兆,两派必须重新携手共同抗击。

当众忍者在岛上日以继夜的训练时,妖魔已开始入侵,海岛被下令作为一号大本营基地,首当其冲迎接第一波攻势。昔日尚且矛盾敌对的各人,如今携手并肩踏入战场……