大木博士正在悠闲的品茶，小智给他打来了电话。小智向大木博士汇报喜讯，说自己已经得到四颗徽章，可是博士却告诉他小茂已经收服了三十只神奇宝贝，获得了五个徽章。小智为此变得很沮丧，他决定向彩虹市进发。小智在树丛里发现了一只猴怪，它跑出来向小刚讨饭...

小智又回到了金黄市，他这次信心满满，因为他有了鬼斯通这个新伙伴。鬼斯通不怕超能力神奇宝贝，他很乐意帮助小智参加这场挑战。小智一心想得到黄金徽章，他决定向娜姿提出一对一的比赛，娜姿欣然接受了比赛。小智在比赛开始就打算放出鬼斯通，可是鬼斯通却不...

在金黄市，小智败给了娜姿的超能力神奇宝贝，他改变路线向着紫苑镇前进。为了打败娜姿，小智必须得先得到住在紫苑镇的幽灵神奇宝贝。他们来到了传说中居住着幽灵神奇宝贝的神奇宝贝塔，那里看上去十分阴森，小智有点胆怯，不敢进去。火箭队为了夺走皮卡丘，他...

夜已经深了，可是小智他们又在森林里迷路了。小智抱怨是小霞带错路，小霞觉得都是小智的错。两人争吵的不可开交，远处一个小女孩的身影吸引了大家的注意。小智打算上前去问路，却失足掉下了悬崖，幸好妙蛙种子及时救了他。森林里的那个女孩子到底是何方神圣？...

小智的下一个目的地就是金黄市道馆，为了到达那里，他们必须走过一片悬崖峭壁。在悬崖上方，飞舞着一大群巴大蝴，它们要飞跃海洋去繁衍后代。小智看到这样的景象，也想让自己的巴大蝴找个好对象，他们利用热气球把小智的巴大蝴送到了巴大蝴群体中。

小智一行来到了少女峡港口，本来很高兴的气氛却被小刚弄的死气沉沉。原来小刚一直在遗憾自己这个夏天没有见到泳装美女，他直到下船都还在唉声叹气。突然，小刚发现港口有一名长发飘飘的白衣女子，刚想上去搭话就被下船的人挡住，当他躲开人群的时候，那名女子...

小智一行没有赶上回大陆本土的通信船，他们只能在小码头等待下一艘船开来。下一艘船还有三个小时才能到码头，小智他们要做些什么打发时间呢？皮卡丘在水里发现一只受伤的墨海马，它似乎想要告诉小智他们是谁让它受伤的。就在同时，远处的船只发生了爆炸，小霞...

在蓝普尔其市，小智他们终于可以放松一下，享受大海和沙滩。火箭队又在计划邪恶事件，他们驾驶一艘机器暴鲤龙打算去袭击海滩，抢夺观光客的财产。与此同时，小智一行正在快艇上享受海风，他们不小心撞到了火箭队的机器暴鲤龙。火箭队再次沉入了海底，小智他们...

小智一行和火箭队逃离了沉船之后在海上漂荡，他们碰见了一群暴走的暴鲤龙。暴鲤龙使出了绝招龙之怒，打散了大家。小智一行落到了一座小岛上，皮卡丘和精灵球都不见了。走散的皮卡丘找到了小智丢失的精灵球，它把神奇宝贝们都放了出来。皮卡丘带着其他神奇宝贝...