小智一行在路上突遇大雨，他们只好到一座看起来很奇怪房子里避雨。屋子里非常空旷，看起来像一座演戏小屋。皮卡丘发现了另外一只皮卡丘，它一直在模仿皮卡丘的动作。小霞突然发现这只模仿皮卡丘的脸长的非常奇怪，小智决定收服这只丑丑的皮卡丘。他丢出的精灵...

小智他们离开了野生原野区，来到了一座大城市。他们在城市里发现了一座超长的桥，通过这座桥可以直接到达对岸的阳光镇。可惜这座桥还在修建当中，而且是汽车专用桥，因为实在是太长了。不过骑单车还是可以通过的，小智他们决定骑单车去阳光镇。但是小智他们都...

自从进入野生原野区，小智等人连一只神奇宝贝都没有收服。不过，小智现在的所处地是可以任意收服神奇宝贝的，小智为此高兴的唱起了歌。小智他们的歌声吵到了野生原野区的管理人凯撒，凯撒给了他们一些原野区宝贝球和钓竿，这是专门用来收服野生原野区的神奇宝...

走出大草原，小智他们来到了野生原野区。在丛林地带，有着各式各样的神奇宝贝，小智刚准备收服一只，就被野生神奇宝贝保护官君莎给抓住了，她以为小智是盗猎者，小智经过一番解释才证明了自己的清白。君莎又发现有人盗猎，小智也决定去帮忙抓盗猎者，究竟是谁...

小智一行来到了野生神奇宝贝保护区，他们在保护区见识到了许多以前没有见过的神奇宝贝。小智派小火龙去对付卡蒂狗，两方势均力敌。突然出现了一个女孩制止了小智的行为，因为在野生神奇宝贝保护区，是不可以捕捉神奇宝贝的。这个女孩就是拉拉美族的富子，她们...

为了寻找浅红道馆，小智一行又在森林里迷路了。他们来到了一座古宅，这房子看上去很诡异。屋子里到处都是机关，感觉像是忍者居住的房子。小智在屋子里发现了一只毛球，这只毛球似乎要小智他们跟着它走。这只毛球要带小智一行去哪里呢？

小智他们来到一座深山当中，越过这座山就可以到达浅红道馆。为了获得新的徽章，小智想赶快前往，可惜他们又迷路了。火箭队正在悠闲的享受午饭，突然一阵巨响传来，震翻了火箭队的午饭。为了被毁的午饭，火箭队决定去查查是谁在搞破坏。

小智一行在漫长的旅行之后来到了黑云市。这座黑云市看起来非常破败，乌云密布，臭气熏天。这里原来是个非常繁华的工业都市，可是因为过度开发，污染了天空和大海，才没落到现在这个样子。皮卡丘似乎对这个城市非常不适应，小智赶忙带皮卡丘去神奇宝贝中心去治...

小智在路上发现了一只正在锻炼的艾比郎，他立马决定收服它。小智打算用皮卡丘来收服艾比郎，他给皮卡丘讲解了拳击技巧，皮卡丘戴着拳击手套去向艾比郎挑战。艾比郎觉得小个子皮卡丘一点没有杀伤力，它丝毫不把皮卡丘放在眼里。可是皮卡丘却使出了绝招火箭拳，...