自八神太一等人打败启示录兽拯救数码世界后,孩子们度过了平静的两年。一天泉光子郎收到了署名玄内的电子邮件:守护数码世界秩序与和平的阿尔法兽不知为何忽然发狂,作为拥有“开端获取之力”的强大能力的超级圣骑士...

自八神太一等人打败启示录兽拯救数码世界后,孩子们度过了平静的两年。一天泉光子郎收到了署名玄内的电子邮件:守护数码世界秩序与和平的阿尔法兽不知为何忽然发狂,作为拥有“开端获取之力”的强大能力的超级圣骑士,数码世界陷入了前所未有的大危机,请被选召的孩子们回去阻止它。

孩子们临危受命,带上暴龙机通过邮件中的链接穿过时空大门到达数码世界,然而即使有奥米加兽的参战,最终重创了阿尔法兽,与此同时为数码世界争取到了珍贵的喘息的时间。

在此期间,玄内老人在深海发掘了一块记载着古老预言的石板,在玄内老人和光子郎的合力破解下,孩子们知道了神秘仪式与第九个被选召的孩子的存在,而这时,数码世界的大门在现实世界中打开,第九个孩子终于应宿命来到了数码世界。

奥米加兽和阿尔法兽大战的能量爆炸损坏了许多数据,加上黑暗能量的侵蚀,数码世界的部分地貌因此改变,阿尔法兽也坠落在极北雪原沉睡;因黑暗力量的肆虐,许多曾被消灭的邪恶数码兽复活后卷土重来,在大战后的焦土上不断袭击正义的数码兽们,为了确保黑暗一直笼罩数码世界,他们挡在了孩子们前进的道路上。

其中,恶魔兽控制了档案岛;而在沙拔大陆上,以吸血魔兽为首的不死型数码兽控制了大陆的东北部;以小丑皇为首的魔人型数码兽则将昔日的同伙收归盔下,重新**西边的黑暗龙卷山一带;更有七大魔王之一的莉莉丝兽暗中在古老的沼泽神殿中布局,意图以孩子们的生命为代价举行神秘仪式,打开时空通道,入侵现实世界。

为了数码世界的存续与未来,孩子们要前往极北雪原消灭阿尔法兽,阻止神秘仪式;而邪恶数码宝贝渴望扩大黑暗势力,占领现实世界,报复创造了它们又抛弃它们甚至要消灭它们的人类。于是抱着不同的目的,双方从档案岛一路不断战斗,孩子们和数码兽不断成长变强,一路无惧艰险,力克强敌,最终在极北雪原与阿尔法兽展开了最后的决战!