当您攻陷一个基地，司令部有25%的概率会掉落能量宝石；对于其他建筑，每个建筑有2%的概率掉落能量宝石。在摧毁司令部前，无论摧毁多少建筑，都不会影响能量宝石的掉落。当司令部被摧毁时，所有的建筑都有可能按设定概率掉落能量宝石。
如果建筑有掉落能量宝石，85%的概率是能量水晶颗粒，12%的概率是能量水晶碎片，3%的概率是能量水晶。
暗黑神像提升能量宝石的掉落概率，和攻陷基地的掉落概率会叠加。例如：暗黑神像提升100%能量宝石的掉落概率，那么司令部有50%的概率会掉落能量宝石；对于其他被攻陷的建筑，每个建筑有4%的概率掉落能量宝石。
恐怖博士普通版、火山版至少会奖励一个能量宝石。哈莫曼的司令部会奖励固定的数量的能量宝石。在保证的数量外，您有可能获得额外的能量宝石。
除此以外，潜水艇下潜、每日奖励也能获得能量宝石。每日奖励的能量宝石数量和您的奖牌数有关，详细见下表：
| 奖牌数 |
能量宝石奖励数量 |
| 1-64 |
1个能量水晶颗粒 |
| 65-90 |
2个能量水晶颗粒 |
| 91-119 |
3个能量水晶颗粒 |
| 120-158 |
4个能量水晶颗粒 |
| 159-197 |
5个能量水晶颗粒 |
| 198-240 |
6个能量水晶颗粒 |
| 241-300 |
1个能量水晶碎片 |
| 301-367 |
2个能量水晶碎片 |
| 368-440 |
3个能量水晶碎片 |
| 441-520 |
4个能量水晶碎片 |
| 521-607 |
5个能量水晶碎片 |
| 608-700 |
6个能量水晶碎片 |
| 701-750 |
7个能量水晶碎片 |
| 750-800 |
8个能量水晶碎片 |
| 801-853 |
9个能量水晶碎片 |
| 854-907 |
10个能量水晶碎片 |
| 908-963 |
11个能量水晶碎片 |
| 964-1021 |
12个能量水晶碎片 |
| 1022-1080 |
13个能量水晶碎片 |
| 1081-1140 |
14个能量水晶碎片 |
| 1141+ |
15+个能量水晶碎片 |
